现代栽培甘蔗组装(Pore-C)

非整倍 (2n=114), 预估基因组大小 ~ 10 Gb

Pore-C数据处理

由于Pore-C数据量大，我们将每个cell的Pore-C数据分别提交到不同的节点上进行比对，然后再合并成一个文件。 cphasing porec-merge

cphasing mapper sh_hifi.bp.p_utg.fasta porec-1.fastq.gz -t 40 
cphasing mapper sh_hifi.bp.p_utg.fasta porec-2.fastq.gz -t 40 
cphasing mapper sh_hifi.bp.p_utg.fasta porec-3.fastq.gz -t 40 
cphasing mapper sh_hifi.bp.p_utg.fasta porec-4.fastq.gz -t 40 
cphasing mapper sh_hifi.bp.p_utg.fasta porec-5.fastq.gz -t 40 

cphasing porec-merge porec-*.porec.gz -o porec.merge.porec.gz 

组装流程

现代栽培甘蔗属于非整倍体，不同同源染色体组内的染色体数量不同，因此我们倾向于先让程序自行分组看看（-n 0:0)。

cphasing pipeline -f sh_hifi.bp.p_utg.fasta -pct porec.mrege.porec.gz -t 40 -n 0:0 -hcr -p AAGCTT