Installation

从GitHub release下载C-Phasing软件，并加载activate_cphasing激活环境。 

LATEST_URL=$(curl -s https://api.github.com/repos/wangyibin/CPhasing/releases/latest | grep "browser_download_url.*linux-x86.tar.gz" | cut -d '"' -f 4)
wget $LATEST_URL
tar xzvf CPhasing*.tar.gz

source ./CPhasing*/bin/activate_cphasing

Note

第一次配置需要在有网络的情况下运行./CPhasing/bin/activate_cphasing.

Note

大陆用户由于网络问题可能没办法安装pixi这个软件，可以直接自行从github release快速下载通道下载： 例如： 

mkdir -p ~/.pixi/bin
cd ~/.pixi/bin
wget https://gh.zwy.one/https://github.com/prefix-dev/pixi/releases/download/v0.60.0/pixi-x86_64-unknown-linux-musl.tar.gz
tar xzvf pixi-x86_64-unknown-linux-musl.tar.gz

之后再次运行activate_cphasing安装CPhasing依赖的包

Note

如果你的服务器不能访问anaconda的仓库，可以配置镜像源，如配置浙江大学的镜像源：
1. 打开配置文件 

~/.pixi/bin/pixi config edit
2. 写入以下内容 
[mirrors]
"https://conda.anaconda.org/conda-forge" = [
    "https://mirrors.zju.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge"
]

"https://conda.anaconda.org/bioconda" = [
    "https://mirrors.zju.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda"
]
3. Ctrl+X+Y : 按ctrl + X，然后再按Y, 保存退出

Note

如果你想运行在arm(aarch64)平台上，请从github release页面下载，git仓库里默认存放x86-64版本

从GitHub官网下载C-Phasing软件，使用anaconda或者miniconda配置环境和激活环境。 

git clone https://github.com/wangyibin/CPhasing.git

cd CPhasing
conda env create -f environment.yml
conda activate cphasing
接着配置以下命令道环境变量 .bash_profile或者.bashrc
~/.bash_profile
export PATH=/path/to/CPhasing/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/path/to/CPhasing:$PYTHONPATH

Note

在比对Hi-C数据的时候，有用户遇到找不到GLIBCXX_3.4.29的报错，这种情况可以在运行cphasing命令前，配置以下命令：

run.sh
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/anaconda3/envs/cphasing/lib:$LD_LIBRARY_PATH

从GitHub下载CPhasing, 然后使用pip安装。

## Download C-Phasing and install python dependencies
git clone https://github.com/wangyibin/CPhasing.git
cd CPhasing
pip install .
接着配置以下命令道环境变量 ~/.bash_profile 或者~/.bashrc
~/.bash_profile
export PATH=/path/to/CPhasing/bin:$PATH

第三方依赖包

  1. 核心功能依赖：
    - bedtools
    - seqkit
    - pigz
  2. Pore-C流程依赖：
    - minimap2(>= v2.24)