HiC Mapper

处理Hi-C数据

one cell

cphasing hic mapper -f draft.asm.fasta -1 hic_R1.fastq.gz -2 hic_R2.fastq.gz -t 40

Note

如果基因组大小大于8Gb，应指定更高的kmer和window大小，例如-k 27 -w 14，避免chromap报错。

mutiple cells

将不同cell的Hi-C 数据提交到集群

• 将多个脚本提交到不同的节点
  run_sample1.sh

  cphasing hic mapper -f draft.asm.fasta -1 hic-1_R1.fastq.gz -2 hic-1_R2.fastq.gz -t 40
  

  run_sample2.sh

  cphasing hic mapper -f draft.asm.fasta -1 hic-2_R1.fastq.gz -2 hic-2_R2.fastq.gz -t 40
  

  run_sample3.sh

  cphasing hic mapper -f draft.asm.fasta -1 hic-3_R1.fastq.gz -2 hic-3_R2.fastq.gz -t 40
  

Note

因为有一步创建索引的步骤，因此用户需要先提交一个任务，直到索引创建完成再提交剩下的任务，或者在不同的目录下分别提交。

• 合并结果 将多个.pairs.gz文件合并成一个。

  cphasing pairs-merge hic-*.pairs.pqs -o hic.merge.pairs.pqs