Mapper

cphasing mapper 是用来处理Pore-C或者HiFi-C数据的，它输出两个文件:
（1）存储高阶互作信息的porec table(.porec.gz)
（2）存储虚拟成对（VPC）互作的4DN pairs (.pairs.pqs)

Note

HiFi-C数据目前也以.porec.gz后缀命名，内容是一样的。

示例

处理单个cell的Pore-C数据

cphasing mapper draft.contigs.fasta sample.porec.fastq.gz -t 40 

处理多个cell的Pore-C数据

一个脚本完成比对

cphasing mapper draft.contigs.fasta sample1.porec.fastq.gz sample2.porec.fastq.gz -t 40 

or

cphasing mapper draft.contigs.fasta sample*.porec.fastq.gz -t 40 

Note

结果使用第一个文件的前缀作为输出前缀

分别提交到集群

• 使用多个脚本提交任务到不同节点
  run_sample1.sh

  cphasing mapper draft.contigs.fasta sample1.porec.fastq.gz -t 40
  

  run_sample2.sh

  cphasing mapper draft.contigs.fasta sample2.porec.fastq.gz -t 40
  

  run_sample3.sh

  cphasing mapper draft.contigs.fasta sample3.porec.fastq.gz -t 40
  

• 合并结果

  cphasing-rs porec-merge sample1.porec.porec.gz sample2.porec.porec.gz sample3.porec.porec.gz -o sample.merge.porec.gz
  cphasing-rs pairs-merge sample1.porec.pairs.pqs sample2.porec.pairs.pqs sample3.porec.pairs.pqs -o sample.merge.pairs.pqs
  

处理单个cell的HiFi-C数据

cphasing mapper draft.contigs.fasta sample.porec.fastq.gz -t 40 --mm2-params "-x map-hifi"

处理多个cell的HiFi-C数据

与处理Pore-C数据的步骤一致，但需要加--mm2-params "-x map-hifi"参数。