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Plot

示例

从contig水平比对结果绘制热图

  • 将pairs文件转成.cool矩阵文件
cphasing-rs contigsizes contigs.fa > contigs.contigsizes
cphasing pairs2cool sample.pairs.pqs contigs.contigsizes sample.10k.cool -bs 10k

cphasing-rs contigsizes contigs.fa > contigs.contigsizes
cphasing pairs2cool sample.pairs.gz contigs.contigsizes sample.10k.cool -bs 10k
  • 根据AGP文件绘制热图 根据AGP文件将contig水平的.cool矩阵转成染色体水平，并绘制热图
    cphasing plot -a groups.agp -m sample.10k.cool -o groups.500k.wg.png

Note

这步会产生两个文件一个是sample.10k.chrom.cool and sample.500k.chrom.cool，后续在agp文件不变的情况下，可以使用这两个文件进行热图的调整.


groups.500k.wg.png

直接使用.cool 文件绘制热图

cphasing plot -m sample.100k.chrom.cool -o groups.100k.wg.png

Note

用户可以指定--binsize参数来调整热图的分辨率，如果输入矩阵的分辨率跟设定的分辨率不一致，程序会自动生成新的分辨率绘制热图，但需要设定的分辨率和输入矩阵的分辨率呈整数倍的关系。例如，输入100k.cool，想绘制500k分辨率的热图:

cphasing plot -m sample.100k.chrom.cool -o groups.500k.wg.png -bs 500k


groups.100k.wg.png         groups.500k.wg.png

不同参数绘制的热图

different_parameters

同源染色体组加边框

cphasing plot chrom.500k.cool -o chrom.500k.png --whitered --add-hap-border

指定染色体绘制

chrom_plot

将每条染色体分开绘制

per_chrom