Rename

以单倍型或者近缘物种的参考基因组作为参考，将当前组装的多倍体进行重命名和染色体方向调整.

调整phasing mode的组装结果

默认情况下phasing mode已经将同源染色体聚成一组，并且不同同源染色体将的方向已经调整至平行，为了节省时间开销，我们仅将第一个单倍型即Chr??.g1比对至参考基因组上，剩下的单倍型命名和方向跟随g1进行调整。如果不符合以上说明，则需加--unphased参数对所有染色体进行比对。

cphasing rename -r mono.fa -f draft.asm.fasta -a groups.agp -t 20 

对所有染色体进行重命名

basal或者basal_withprune mode，需要对所有染色体进行比对，然后重命名和重新调整方向，需要加--unphased参数。

cphasing rename -r mono.fa -f draft.asm.fasta -a groups.agp -t 20 --unphased 

用字母作为不同单倍型的后缀

Chr01A Chr01B Chr01C ...

cphasing rename -r mono.fa -f draft.asm.fasta -a groups.agp -t 20 -s upperletter