常见问题
第一轮分组的结果不好:#
在我们的两轮聚类算法中，第一轮聚类依赖于同源染色体之间比对错误；如果用户输入低水平Switch error的contigs或输入高精度的Pore-c数据，h-trans将不足以支撑将来自同源染色体的contig聚到一起，这容易导致结果不理想。用户可以为hyperpartition或pipeline设置-q1 0以增加h-trans错误率。但是，当您在孔表或配对文件中输入大量的Pore-C数据时，此参数可能会引发内存不足的错误。
如何在组装非整倍体基因组时设置-n参数:#
非整倍体基因组，如现代栽培的甘蔗，包含数目不相等的同源染色体。我们建议-n参数可以设置为零（-n 0:0），让程序自动判别分组数
但是，我们也允许用户输入一个包含两列的文件：第一列是第一轮分区的索引（1-base），第二列是每个同源染色体的染色体编号。然后指定- n10:second.number.tsv。在cphasing pipeline或cphasing hyperpartition中使用。