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HiC Mapper

处理Hi-C数据

one cell

cphasing hic mapper -f draft.asm.fasta -1 hic_R1.fastq.gz -2 hic_R2.fastq.gz -t 40

Note

如果基因组大小大于8Gb，应指定更高的kmer和window大小，例如-k 27 -w 14，避免chromap报错。

Note

默认情况下，cphasing hic mapper 使用 _chromap（C-Phasing 中内置的修改版）作为比对工具。你可以通过 -a 或 --aligner 选项指定不同的比对工具：

  • _chromap (默认): C-Phasing 绑定的修改版 Chromap。
  • chromap: 官方原版 Chromap。
  • bwa-mem2: 高性能的 BWA-MEM 比对工具。
  • minibwa: 更轻量、更快速的类 BWA 比对工具。

mutiple cells

将不同cell的Hi-C 数据提交到集群

  • 将多个脚本提交到不同的节点
    run_sample1.sh
    cphasing hic mapper -f draft.asm.fasta -1 hic-1_R1.fastq.gz -2 hic-1_R2.fastq.gz -t 40
    run_sample2.sh
    cphasing hic mapper -f draft.asm.fasta -1 hic-2_R1.fastq.gz -2 hic-2_R2.fastq.gz -t 40
    run_sample3.sh
    cphasing hic mapper -f draft.asm.fasta -1 hic-3_R1.fastq.gz -2 hic-3_R2.fastq.gz -t 40

Note

因为有一步创建索引的步骤，因此用户需要先提交一个任务，直到索引创建完成再提交剩下的任务，或者在不同的目录下分别提交。

  • 合并结果 将多个.pairs.gz文件合并成一个。 
    cphasing pairs-merge hic-*.pairs.pqs -o hic.merge.pairs.pqs