C-Studio¶

⚠️ 开发状态：C-Studio 仍在积极开发中，功能和界面可能发生变化。

C-Studio 是一个处于早期阶段的桌面应用，用于检查染色体尺度组装、对照多类证据，并由用户主动编辑 AGP。当前应用由 Tauri 2、React、TypeScript 和 Rust 构建。

图 1：C-Studio 将组装状态与证据视图汇集到同步工作区。

图 1｜C-Studio 将 AGP、三维接触、共线性、覆盖度和组装图证据汇集到可感知拷贝的同步校订工作区。

当前范围

本文档描述当前实现。C-Studio 提供证据辅助的校订工作流，但不会替用户判断生物学上正确的断点、方向、分组或拷贝数。

C-Studio 汇集的内容¶

AGP 组装结构与可编辑的 contig 放置
.mcool 接触矩阵
PAF 共线性比对
BedGraph 覆盖度轨道
GFA 组装图拓扑及可选的端点级三维接触证据
感知拷贝的选择、编辑、历史、撤销、重做和 AGP 导出
与编辑后 AGP 一同保存、可兼容恢复的操作历史 sidecar

flowchart LR
    A["AGP 组装"] --> W["同步工作区"]
    B["MCOOL 接触矩阵"] --> W
    C["PAF 共线性"] --> W
    D["BedGraph"] --> W
    E["GFA 组装图"] --> W
    W --> U["用户主动编辑"]
    U --> H["历史与检查"]
    H --> O["编辑后的 AGP"]

证据与权威来源¶

当前编辑中的 AGP 布局是排序、方向、边界和导出的权威来源。接触矩阵、PAF、覆盖度和 GFA 都是证据视图；它们会随编辑后布局同步，但不会被静默改写，也不会自行决定编辑操作。

从这里开始¶

安装或构建 C-Studio。
准备 AGP 和证据文件。
按照首个项目流程操作。
加载真实数据前阅读项目文件发现规则。
启用自动保存或删除拷贝前阅读组装编辑。

当前限制页面区分了已实现功能与打包、平台和验证缺口。