快速开始¶

下面的流程会保留可恢复的源 AGP，并明确区分证据与编辑操作。

如果尚未生成输入文件，请先按准备输入文件操作。

下载示例数据¶

从 C-Studio v0.5.0 Release 下载 examples.tar.gz 并解压。若要打开解压后的示例，请选择 Add Data → Load project folder…， 然后选中对应的项目目录。

压缩包包含以下示例文件：

groups.final.agp
alfalfa.mapq1.mcool
alfalfa.coverage.bedgraph
ref.align.paf
alfalfa.p_utg.noseq.gfa

1. 准备项目目录¶

处理真实项目时，建议把输入文件的副本放到一个独立目录中。组装编辑需要 AGP， 其他证据均为可选。

my-project/
├── assembly.agp
├── contacts.mcool
├── alignments.paf
├── coverage.depth
└── assembly.gfa

程序只扫描目录顶层。同一类型存在多个候选文件时，C-Studio 会按确定性规则加载 一个，并把其他候选报告为已跳过。精确规则见项目数据。

2. 加载数据¶

选择 Add Data → Load project folder…。也可以使用 Add Data 下的 单文件入口逐个加载。

从源码检出目录运行时，Load example project 可以打开检出目录中的 examples/ 目录。使用安装包时，请按上文下载并解压 v0.5.0 示例数据， 再手动加载对应的示例项目目录。

3. 检查工作区¶

先确认状态栏和 Project Info 显示了预期的组装与矩阵，再检查：

• 主热图和覆盖度轨道；
• 检查器中的 Overview、Synteny 和 GFA 标签；
• 染色体、block 与 contig 标注框；
• 存在 GFA 时的同源染色体正则表达式。

如果 AGP、接触矩阵 bin、PAF、覆盖度和 GFA 中的 contig 标识不一致，相应证据 将无法可靠投影。

4. 导航与选择¶

• 拖动热图进行平移。
• 滚轮默认沿对角线平移；使用平台对应的组合滚轮切换分辨率或垂直移动。
• 点击 Fit 回到全组装视图。
• 在 X/Y Jump 中输入 contig 或 contig:start-end。
• Shift 单击组装标注可选择 contig 或染色体；Shift 拖动选择多个 contig； 在同步轨道中用 Command/Control 单击切换单个 contig。

完整交互见导航与选择。

5. 执行一次可撤销编辑¶

右键选中的组装对象，选择 Reverse / rotate selection、Copy 或 Move to debris 等操作。观察接触矩阵、轨道和证据视图如何按编辑后的 AGP 重新投影。

继续操作前，使用 Undo 或 History 验证可恢复性。删除需要确认，并会报告 是否有源区间在删除后不再保留任何拷贝。

6. 保存编辑后的 AGP¶

macOS 按 Cmd+S，Windows 按 Ctrl+S，也可以点击保存图标。 C-Studio 会同时保存编辑后的 AGP 和同前缀 .history.json sidecar，后者记录 可兼容恢复的撤销/重做时间线。

压缩的 .agp.gz 不会被直接覆盖。请先保存到普通 AGP 目标，再启用自动 保存。