组装编辑¶
编辑模型¶
C-Studio 编辑当前 AGP 放置列表。内部区间使用 0-based half-open，导入和导出的 AGP 坐标使用 1-based closed。接触矩阵、覆盖度、PAF 和 GFA 保留各自原始坐标系， 并通过编辑后的放置关系重新投影。
Important
每次编辑都由用户发起。证据视图可以定位或预览候选，但不会替用户选择 生物学操作。
先选择，再编辑¶
可在热图中使用 Shift 单击或 Shift 拖动，也可从覆盖度、共线性或 GFA 中选择。 右键所选对象打开共享操作菜单。
可用操作¶
| 操作 | 效果 |
|---|---|
| Rename… | 验证后修改染色体、block 或 contig 的显示/导出名称 |
| Reverse / rotate selection | 反转所选顺序并翻转方向 |
| Copy | 为所选源区间创建另一个放置 |
| Dissolve block | 将所选复合 block 拆成单 contig block |
| Add chr boundaries | 在所选 contig 周围增加染色体边界 |
| Remove chr boundaries | 移除符合条件的所选染色体边界 |
| Delete gap / join blocks | 删除符合条件的 AGP gap 行并连接相邻 block |
| Move to debris | 把所选序列保留到 debris 对象中 |
| Delete contig… | 经拷贝感知确认后移除所选放置 |
拆分 contig 时，先选中它，再把指针移到其对角框内部。当出现剪切光标时单击。 端部区域有保护，靠近端点的点击不会被当作剪切。
移动所选对象时，把指针移到有效插入边界，出现插入光标后单击确认目标。移动与 复制操作针对放置关系，不代表程序作出了生物学分组或拷贝数判断。
感知拷贝的删除¶
Delete contig… 会打开确认对话框，区分拆分和未拆分拷贝，并报告每个所选源 区间还剩多少拷贝。如果删除后一个拷贝都不剩，会明确突出这一损失。
删除会从组装中移除放置，而不是移动到 debris。可以用 Undo 恢复；如果存在 兼容的已保存历史 sidecar，重新打开后仍可恢复。
历史、撤销与重做¶
每个 reducer 编辑都会记录操作前后组装状态和影响摘要。
- Cmd+Z / Ctrl+Z 撤销一步；
- Shift+Cmd+Z / Ctrl+Y 重做一步；
- 悬停 History 条目可预览前后状态；
- 单击 History 条目可定位受影响区域；
- 右键已应用条目并选择 Undo to here，可一次回退其后的操作。
加载新项目会替换当前时间线；如果所选 AGP 存在兼容的历史 sidecar，会同时 恢复。清空全部数据或重新加载源组装会清除编辑历史。
保存与自动保存¶
手动保存会把当前规范布局写成 AGP，同时保留尚存在的 N/U gap 元数据以及
0、na 等合法未知方向。程序还会写入同前缀 .history.json sidecar，其中
包含已应用和已撤销操作。只有 sidecar 与已保存 AGP 匹配时才会恢复。
加载源 AGP 不等于授权覆盖它。首次手动保存始终会选择目标路径。已知可写
普通 AGP 保存路径后，自动保存会在变更约五秒后同时写入两个文件。
gzip AGP 只能作为只读输入目标；请先另存为普通 .agp。
只有在确实要丢弃全部编辑并恢复最初加载的源 AGP 时，才使用 Reload assembly…。其他已加载证据仍保留在工作区。