故障排查¶

无法打开 C-Studio¶

请从官方 GitHub Releases 下载与平台匹配的安装包。macOS 上确认下载来源后，按住 Control 点按应用并选择打开； Windows 上出现 SmartScreen 警告时，也应先确认安装程序来源。

C-Studio 没有找到项目文件¶

选择的文件夹顶层应包含普通文件。支持 .agp、.gfa/.gfa1、.paf、 .depth/.bedgraph/.bg、.cool 和 .mcool；文本文件可以使用 .gz 后缀。 当 macOS 或 Windows 请求权限时，请允许 C-Studio 访问所选文件夹。

热图或证据视图为空¶

AGP component ID 必须与接触矩阵、PAF、覆盖度和 GFA 中的 chromosome 或 segment 名称一致。随后检查当前视图、分辨率、颜色范围、归一化和图层可见性。回到全组装视图并 使用 Auto 颜色范围可作为安全复位。

无法保存或恢复历史¶

请先使用另存为选择一个可写、未压缩的 AGP 目标；自动保存不能覆盖 .agp.gz 输入文件。若要恢复历史，将 <AGP-prefix>.history.json 放在匹配 AGP 旁边。格式错误或 不兼容的 sidecar 会被忽略，但 AGP 仍可正常打开。

GFA 视图或同源布局缺失¶

GFA 需要名称匹配的有效 S 记录。若同源布局未出现，请设置 Homolog regex：捕获组 1 表示同源组，捕获组 2 表示组内顺序；例如 (Chr\d+)g(\d+) 可匹配 Chr01g1。

“Load example project” 无法使用¶

该辅助功能依赖源码检出目录的 examples/。在安装包中，请改为逐个加载示例文件。