项目数据¶
AGP、COOL/MCOOL、PAF、覆盖度和 GFA 的生成命令见准备输入文件。
支持的输入¶
| 证据 | 扩展名 | 作用 | 编辑是否必需 |
|---|---|---|---|
| 组装 | .agp、.agp.gz |
权威且可编辑的布局 | 是 |
| 编辑历史 | <AGP-prefix>.history.json |
可兼容恢复的撤销/重做时间线 | 否 |
| 接触矩阵 | .cool、.mcool |
热图与三维接触证据 | 否 |
| 组装图 | .gfa、.gfa1，可带 .gz |
拓扑与重叠证据 | 否 |
| 共线性 | .paf，可带 .gz |
参考/查询比对视图 | 否 |
| 覆盖度 | .depth、.bedgraph、.bg，可带 .gz |
覆盖度轨道 | 否 |
单文件入口还接受部分 AGP、GFA、PAF 和覆盖度的 .txt、.txt.gz 形式；项目
目录自动发现只使用表中的专用扩展名。history sidecar 不会被独立选择；
只有当它的前缀与所选 AGP 一致，且其内嵌的规范 AGP 与当前布局匹配时，
C-Studio 才会加载。
项目目录发现¶
Load project folder… 只扫描所选目录顶层的普通文件，不递归进入子目录。
每种证据类型都会：
- 对文件名进行确定性排序；
- 选择一个文件；
- 将同类型其他文件报告为忽略候选。
接触矩阵优先选择 .mcool，其次为 .cool；同类文件再按确定性文件名顺序决定。
文本输入可以 gzip 压缩；.cool 和 .mcool 是 HDF5 容器，不能再用 gzip 包裹。
如果选中的 AGP 为 assembly.agp 或 assembly.agp.gz，对应历史文件名为
assembly.history.json。不兼容或格式错误的 sidecar 会被忽略，不会套用到
其他布局。
标识符兼容性¶
AGP 的 component ID 是证据投影到编辑后可视布局时使用的不可变查询键。以下 标识应一致：
- AGP 第 6 列的 component ID；
- 接触矩阵的 chromosome/bin 名称；
- PAF query 名称；
- 覆盖度 chromosome 名称；
- GFA segment 名称。
在 C-Studio 中重命名 contig 会改变导出的显示名称，但会在当前会话中保留不可变 的源数据查询键。
不完整项目¶
C-Studio 可以加载只包含部分支持类型的目录。只有 AGP 的项目也能编辑布局并导出 AGP；对应文件未加载前，其他证据面板保持为空或禁用。
加载新项目目录会替换当前工作区。使用 Clear all loaded data… 明确移除全部 来源；使用 Reload assembly… 恢复最初加载的 AGP，同时保留其他证据。
平台说明¶
桌面应用在 macOS 和 Windows 上使用 Tauri 原生对话框插件选择项目目录和 单项数据文件。完整的真实 Windows 点击验证仍是独立的发布 QA 步骤。浏览器预览 可以使用 Web 文本文件入口，但不提供桌面端 HDF5 后端。